增值税发票系统2.0版集成了税控系统、电子底账系统及综合服务平台(包括税务版和企业版)，优化升级了原增值税发票选择确认平台和发票查验平台，为纳税人提供了增值税发票的网上抵扣勾选、退税勾选、代办退税勾选、进项发票查询、成品油消费税管理和进销项发票下载等功能。增值税发票综合服务平台(企业版)是现有增值税发票选择确认平台的升级版，在原有基础上进行了功能的完善和风格的优化，可以为纳税人提供增值税发票网上抵扣勾选、退税勾选、代办退税勾选、成品油消费税管理、进销项发票查询和下载等功能。增值税发票综合服务平台(企业版)上线运行后，原增值税发票选择确认平台不再使用。增值税综合服务平台作为增值税发票管理系统2.0版重要组成部分，其新增功能及优化之处为：抵扣勾选增加确认签名、注销勾选、回退税款所属期、异常发票查询等功能，抵扣勾选可根据实际情况调整有效抵扣税额或不抵扣。
特别注意所有发票均需确认用途后再进行勾选：可勾选的发票类型为：增值税专用发票、机动车销售统一发票、增值税电子普通发票(通行费)。发票用途包括：用于申报抵扣或不抵扣、用于出口退税和代办退税，三项用途相互独立、同一份发票只能选择其中一项用途。此外，扫描认证的发票默认用途为申报抵扣，纳税人也可根据实际情况调整有效抵扣税额。
抵扣勾选增加确认签名操作
优化后的抵扣勾选流程为：勾选可抵扣发票、申请统计、查询统计表、确认签名，以上步骤完成后即可进行增值税申报。纳税人可根据需要在确认签名之前撤销勾选，重新确认用途后再次勾选。
